En bio-informatique, toutes les machines, les serveurs aussi bien que les stations de travail, ont été standardisées par l'utilisation de Debian. C'est généralement pour le grand niveau d'aide disponible de Debian et l'administration simple que fournit le système de gestion des paquets. Le soin et la qualité des vérifications qu'apportent les responsables des paquets à leurs paquets sont aussi de très bonnes raisons.